合同会社と株式会社の合併は可能？手続きの流れと「吸収合併」の注意点をわかりやすく解説

最初はスモールスタートで開始した合同会社でも、事業が順調に成長し、将来的には大企業との資本提携やM&Aによるイグジットも視野に入ってくるケースはよくあります。

その際にハードルになるのが「合同会社は株式会社に比べてM&Aに適していないのでは？」という不安や、「買い手となる株式会社が、自社（合同会社）をそのまま吸収合併することは法律上可能なのか？」という疑問です。

本記事では、株式会社による合同会社の吸収合併の可否や、実務上のハードル、そして将来を見据えた選択肢について解説します。

株式会社を存続会社とし、合同会社を吸収合併することは可能

結論からいうと、株式会社を「存続会社（生き残る会社）」とし、合同会社を「消滅会社（解散する会社）」として吸収合併することは、会社法上は可能です。

この吸収合併が行われると、以下のような状態が発生します。

権利義務の引き継ぎ：存続会社である株式会社が、消滅会社である合同会社の資産、負債、取引先との契約関係、従業員の雇用などをすべて包括的に引き継ぎます。
合同会社の消滅：合同会社は合併の効力発生日をもって解散し、法人格が消滅します。
対価の交付：消滅する合同会社の出資者（社員）に対しては、その持分に応じて、存続会社（株式会社）の「株式」、あるいは「現金」などが対価として交付されます。

ただし、そもそも合同会社はM&Aに適していないことに注意

制度上は可能であっても、実務において「合同会社のままM&A（吸収合併など）を進めること」には高いハードルがあります。合同会社がM&Aに不向きとされる主な理由は以下の2点です。

1. 合意形成のハードルが高い（総社員の同意が必要）

株式会社の場合、M&Aのような重要事項は「株主総会の特別決議（議決権の3分の2以上の賛成）」で決定できます。

一方、合同会社は「人」の結びつきを重視する持分会社であるため、基本的には出資比率にかかわらず各社員が議決権を持ちます。
また、合同会社が吸収合併されて消滅する場合、原則として「総社員の同意（出資者全員の賛成）」が必要です。

もし出資者の中に一人でも反対する人がいれば、合併手続きはストップしてしまいます。
あらかじめ定款で意思決定を柔軟にできるように設定しておくことは可能ですが、設立時は将来のM&Aを見越していないことがほとんどでしょう。

また、合同会社は株式会社のように所有と経営が分かれておらず、株式保有比率に応じて所有権を譲渡する設計になっていない点も注意が必要です。

2. 企業価値（バリュエーション）の算定が難しい

株式会社のM&Aでは、「1株あたりの株価」を算定し、発行済株式数を掛け合わせることで企業価値を評価する手法が一般的です。

しかし、合同会社には「株式」という概念がなく、出資割合に応じた「持分」しかありません。

そのため、実務としてポピュラーな株価ベースでの価値算定（DCF法やマルチプル法など）をそのまま当てはめづらく、買い手企業との間で「持分に対する適切な評価額（対価）」を合意するプロセスが複雑化しやすくなります。

合同会社を吸収合併する手続きにおける注意点

もし買い手企業が見つかり、合同会社のまま吸収合併を進めることになった場合、以下の点に注意して手続きを進める必要があります。

合同会社の「総社員の同意」が必要
前述の通り、定款に別段の定めがない限り、合併に向けた承認手続きにおいて出資者全員の同意書を取得する必要があります。スケジュールの遅延を防ぐため、早い段階で出資者全員へ根回しを行うことが不可欠です。
合併契約書における「対価」の記載方法
両社で締結する合併契約書には、「合同会社の社員に対して、どのような割合で株式会社の株式（または現金）を交付するか」を明確に記載しなければなりません。株式と持分という異なる概念をすり合わせるため、法律や税務の専門家を交えた慎重な設計が求められます。
債権者保護手続きの徹底
吸収合併を行う場合、会社の財産状態が大きく変わるため、取引先や銀行などの債権者を保護するための手続きが必要です。これは株式会社同士の合併でも同様ですが、「官報公告」と「債権者への個別催告」を必ず行わなければなりません。

合同会社を吸収合併する手続きの流れ・スケジュール

実際に株式会社による合同会社の吸収合併を進める場合、大まかに以下のステップを踏むことになります。全体で概ね1.5〜2ヶ月程度の期間を見込む必要があります。

合併契約の締結：株式会社と合同会社の間で、合併条件を定めた契約を結びます。
事前の書類備置（株式会社側）：存続会社となる株式会社は、合併に関する書面を本店に備え置きます。
承認手続き：合同会社側は「総社員の同意」を、株式会社側は原則として「株主総会の特別決議」を得て、合併を承認します。
債権者保護手続き：官報への公告および債権者への個別催告を行います。異議を申し立てるための期間として、最低1ヶ月間を確保しなければなりません。
効力発生（合併成立）：合併契約書で定めた期日に、合併の効力が発生します。
登記申請：効力発生日から2週間以内に、存続会社の「変更登記」と、消滅会社の「解散登記」を管轄の法務局へ同時に申請します。

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ここまで解説した通り、合同会社のままM&A（吸収合併）を行うことは可能ですが、買い手側の検討ハードルが上がったり、社内の合意形成が難航したりするリスクが伴います。

そのため、将来的なM&Aや本格的な資金調達を本気で目指すのであれば、M&Aの交渉に入る前に、自社を「合同会社から株式会社へ組織変更」しておくのが、スタートアップにおける最も王道かつスムーズな戦略です。

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M&Aはタイミングが命です。
いざ素晴らしい買い手企業が現れたときに、会社の形態がネックとなって交渉が頓挫しないよう、先回りして株式会社への組織変更を検討しておくのも有効です。

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